Arkeolojik alanlardan elde edilen bitki kalıntılarının yanı sıra saha dışı örneklemeden elde edilen materyallerin incelenmesi, palinoloji (polen ve sporların incelenmesi), paleoantrakoloji (odun ve odun kömürünün incelenmesi), fitolit analizi (fitolitlerin incelenmesi), nişasta ve diğer biyomolekül çalışmaları gibi çeşitli uzmanlıkların konusu olmuştur. Bugün arkeolojik alanlarda daha yaygın olarak uygulanan analizin arkeobotanik olduğunu söyleyebiliriz. Arkeobotanikçiler, bitki kalıntıları, yani tohumlar, meyveler, yapraklar, çiçek tomurcukları ve etli kökler üzerinde çalışarak, geçmiş çevre ve iklim, bitki sistematiği ve diyet gibi insan-bitki etkileşimleri (beslenme, evcilleştirme, tarımsal uygulamalar ve tarım ekonomisi, yemek pişirme ve tüketim, tıp, el sanatları, boyalar ve pigmentler, bir yerleşim yerinde bitki işleme ve depolama ile ilgili alan kullanımı, gıda maddelerine erişimi düzenleyen sosyo-ekonomik faktörler, ritüel ve ideoloji) ile ilgili çok çeşitli konularla ilgili sorular sorarlar. Arkeobotanik kalıntılar üzerinde, antik DNA (aDNA) veya bitkilerin izotopik analizler insan ve bitkiler arasında kurulan ilişkileri anlamlandırmada da sıklıkla kullanılan yöntemlerdendir.