Zooarkeolojinin çalışmalar genel olarak hayvan kemikleri, dişleri, boynuzları üzerine odaklansa da  yumuşakçaların (archaeomalacology), antik biyomoleküllerin (aDNA ve lipidler gibi) ve hatta böceklerin (paleoentomoloji) çalışılmasını da içermektedir. Bu çalışma konuları içerisinde zooarkeologlar çalışma konularını memeliler, kemirgenler, balıklar veya kuşlar gibi küçük memeliler gibi belirli bir alt uzmanlıkla sınırlandırabilir veya hepsine odaklanabilirler. Zooarkeologlar, arkeobotanik çalışmalarda veya herhangi bir arkeolojik araştırmada olduğu gibi, bir yerleşimin içinde faaliyet gösterdiği doğal çevre hakkında ve söz konusu toplumun ekonomik, sosyal ve ideolojik yapısı hakkında sorular sorarlar. Yerleşimde ve çevresinde bulunan yabani ve evcil hayvan türleri iklim tipi, su erişilebilirliği ve bitki örtüsü hakkında bilgiler verebilir. Zooarkeolojik çalışmalar çevresel bilgiler sağladığı kadar insan ve hayvan arasındaki çeşitli ilişkileri de (türlerin yok olması, evcilleştirme, hayvancılık faaliyetleri, ticaret ağları, göç, göçebelik ve yaylacılık, sosyo-ekonomik sınıflar ve bunların gıda maddelerine erişimleri, çeşitli hayvansal gıdalarla ilgili yasaklar, kasaplık, yemek pişirme ve muhtemelen etnik köken, hayvanların düzenli tüketimi veya gösterişli ziyafetler, zanaatlar, yerleşim düzeni ve hayvan bakımı, kesim süreci ve tüketim, ideoloji, ritüel ve törensel kurban ile ilgili olarak mekan kullanımı ) hakkında da bilgi sağlamaktadır. Antik DNA (aDNA) çalışmaları, diş ve kemiklere uygulanan izotopik ve kimyalsal element analizleri, insan ve hayvan arasında farklı platformlarda kurulan ilişkileri netleştirmeye yardımcı olan ek çalışmalardır.